La sezione della storia dell'alimentazione e della gastronomia nel medioevo, attiva a partire dal 1989, è uno degli ambiti di ricerca dell'Accademia e si struttura in due momenti diversi: da un lato lo studio delle fonti relative alle consuetudini alimentari e dall’altro la sperimentazione delle preparazioni culinarie.

Lo studio dell’alimentazione umana, intesa come espressione culturale di una società definita sia geograficamente che cronologicamente, comporta necessariamente un ampliamento del raggio di studio in quanto strettamente legata agli aspetti economici, sociali, rituali e medici: economici in quanto si può usufruire per scopi alimentari solo di ciò di cui si può disporre, siano queste derrate alimentari prodotte in loco o derivanti da scambi commerciali; sociale in quanto la scelta, come l’imposizione, di un vitto specifico definiscono uno status sociale ben determinato; rituale in quanto influenzata da obblighi ed interdizioni derivanti da prescrizioni di tipo religioso ed infine medico in quanto la cucina si affianca alla medicina nella dietetica, branca della medicina in cui il termine diaeta viene inteso nella sua accezione originaria di regime di vita e che comprende, tra le altre cose, le corrette pratiche alimentari per il mantenimento di uno stato di salute ottimale.

Dal 2006 lo studio dell'alimentazione si avvale delle analisi paleonutrizionali dei resti scheletrici per approfondire lo studio delle consuetudini alimentari delle diverse popolazioni storiche.