Le "cose naturali" nella formazione dell'uomo sono quelle che appartengono alla natura intrinseca dell'uomo stesso:

Tres sunt constituencia, tres regencia, undique regunt et construunt elementa, humores, membra; tria regencia sunt: complessiones, virtutes, virtutum operationes.
(Tre sono costituenti, tre sono reggenti, per cui reggono e costruiscono. Le tre costituenti sono gli elementi, gli umori e le membra, le tre reggenti sono le complessioni, le virtù, le operazioni delle virtù). Ma nella Ysagoge le res naturales sono sette: elementi, umori, complessioni, membra, virtù, operazioni e spiriti.

Gli elementi sono quattro: terra, acqua, fuoco e aria, da cui provengono gli umori. La complessione è la miscela degli umori che costituiscono il corpo, con una prevalenza o meno di un umore rispetto all'altro.

Le membra, o parti, si possono dividere in principali (cervello, cuore fegato e testicoli) e accessorie (come ad esempio i nervi, le arterie, le vene, i dotti spermatici). Tra le parti, inoltre, alcune di loro hanno una propria facoltà dalla quale appunto le parti sono rette e su cui si fonda la loro natura: sono ossa, cartilagini, membrane (che sono tra la pelle e la carne), muscoli, grasso e carne.
Vi sono altre che agiscono secondo la loro propria facoltà, tuttavia traggono principio e vigore dalle principali e fondamentali: tali sono lo stomaco, i reni, gli intestini e tutti i muscoli.

Le facoltà sono tre: facoltà animale, spirituale, naturale.

Le operazioni sono di due tipi. Nel primo tipo ciascuna compie per suo conto ciò che le è proprio, come l'appetito per il cibo tramite calore e secchezza; la digestione tramite calore e umidificazione; la ritenzione tramite freddezza e secchezza; l'espulsione tramite ciò che é freddo e umido. Altre, composte, che si articolano in due componenti, come il desiderio e la traslazione. Infatti il desiderio si compone di una duplice facoltà: una appetitiva, l'altra sensitiva: lo stomaco infatti percepisce la propria ubicazione. La traslazione si compone di due o più facoltà: una espulsiva, un'altra attrattiva o sensitiva, un'altra appetitiva.

Gli spiriti sono tre. Il primo, il naturale, ha origine dal fegato; il secondo, il vitale, ha origine dal cuore; il terzo, l'animale, ha origine dal cervello. Il primo dal fegato tramite le vene (che non hanno pulsazioni) si diffonde in tutto il corpo. Il secondo è spinto dal cuore in tutto il corpo tramite le arterie. Il terzo dal cervello é diretto in tutto il corpo tramite i nervi.